La banda fue fundada por Mana y Közi, posteriormente se unieron tres miembros más a la agrupación Yu~ki, Gaz y Tetsu, y publicaron «Sans Logique», que contiene 4 canciones instrumentales, entre ellas “Sadness ~I know the reason for her sadness~” y un breve fragmento de “Speed of Desperate”.
El 15 de marzo de 1993 el baterista Gaz abandonó la banda por razones aún desconocidas, 2 días después, el 17 de marzo un nuevo baterista entraría como miembro de soporte de la banda con el apodo Ukyo quien más tarde sería conocido como Kami. El 27 de marzo la banda participó en el evento televisado Shock Age interpretando “Rafflesia” canción escrita por Tetsu y Mana. El 5 de abril del mismo año se publicó su segunda cinta de demostración «Sadness» durante un concierto en Nanba Rockets con una sola canción siendo esta la versión con vocales de “Sadness ~I know the reason for her sadness~”, en los créditos de esta cinta figura la leyenda "Thanks for Gaz". Más tarde la canción “Speed of Desperate” fue reeditada y publicada en la cinta de demostración «Sadness & Speed of Desperate». Finalmente en mayo Kami pasaría a ser un miembro oficial de la banda. El primer aniversario de la banda fue celebrado en el Meguro Rock-may-kan, lugar donde habían debutado un año antes, durante la presentación se repartió la cinta de demostración «The 1th Anniversary» que contiene las canciones “Sadness ~I know the reason for her sadness~” y la versión en vivo de “Lafflesia”, grabada durante un concierto en el Club Gio.
El 22 de febrero de 1994 se presentaron en el evento ~Dai ni yoru~ Higeki no Bansan Vol. 2 celebrado en el Shinjuku LOFT. Después de esta fecha la banda se mantuvo lejos de los escenarios por cinco meses, tiempo en el cual se dedicaron a la producción de su primer álbum memoire. El 24 de julio es publicado el álbum bajo el sello discográfico Midi:Nette propiedad del guitarrista Mana.
El 3 de agosto comienza el Tour Cher de memoire, este tour finalizó con una presentación en el Meguro Rock-may-kan la noche del 23 de septiembre.
El tour cher de memoire II contó con siete fechas, la primera se celebró el cinco de diciembre, en este tour se interpretaron canciones nuevas que no serían lanzadas de manera oficial hasta la segunda era de la banda con un nuevo vocalista. El 24 de diciembre fue publicado el álbum memoire DX que es una reedición de su álbum anterior memoire, esta publicación cuenta con una canción nueva “Barokku”.
El 12 de diciembre de ese año se realizó la última presentación del vocalista Tetsu en el Meguro Rock-may-kan llamada "Cher de memoire II final, Tetsu last live", al parecer el vocalista había decidido dejar la banda por diferencias creativas, aunque esto jamás fue confirmado. Después de esta presentación, la banda cesó actividades por nueve meses.
En 1995, tras casi un año lejos de los escenarios, Malice Mizer incorporó a Gackt como nuevo vocalista. Bajo su influencia, el estilo del grupo se volvió más nostálgico y romántico, con una mayor influencia tanto de la música clásica como de la música pop francesa. En cuanto a su vestuario, la banda abandonó su estilo gótico por coloridos trajes históricos con una mayor influencia de la estética visual kei.
El 10 de diciembre fue publicado su primer sencillo, y su primer trabajo musical con el nuevo vocalista Gackt, «Uruwashiki Kamen no Shoutaijou», el sonido de este sencillo es totalmente diferente a sus trabajos anteriores es en donde se puede apreciar una fuerte influencia de la música pop francesa, el sencillo contiene la versión en japonés de la canción “Après Midi ~Aru Pari no Gogo De~”.
En junio de 1996, Malice Mizer lanzó al mercado su segundo álbum, Voyage ~sans retour~, según declaraciones de los miembros de la banda el estilo musical del álbum era como "un retorno a la infancia" durante dos años se realizaron presentaciones por todo Japón promocionando su nuevo sencillo y el álbum. Malice Mizer estaba logrando un gran reconocimiento entre el público y los medios. El 10 de octubre se publicó el segundo sencillo «Ma chérie ~Itoshii kimi e~» como celebración del primer aniversario de Gackt como vocalista de la banda, y como inauguración de su club de fanáticos oficial, también llamado «ma chérie».
La popularidad de la banda creció y en 1997 firmaron un contrato con el importante sello discográfico Nippon Columbia, con el que editaron un gran número de exitosos sencillos, un cortometraje (Verte Aile, también llamado Bel Air de l'image); y en 1998, su primer y último álbum con esa discográfica, merveilles. También tuvieron su propio programa de radio y revista. En enero de 1999, en pleno apogeo de la banda, Gackt la abandonó para empezar su carrera como solista. Malice Mizer rompió su contrato con Nippon Columbia y volvió a la firma de música indie de Mana, Midi:Nette.
Unos meses después de la retirada de Gackt, el baterista Kami murió a causa de una hemorragia subaracnoidea, dejando atrás un conjunto de canciones, que al final la banda sacó a la luz como parte del Mini álbum/Colección de vídeos Shinwa ~ Kami's Memorial Box ~; Kami nunca fue reemplazado. Desde entonces, Malice Mizer sólo utilizaría soportes grabados de batería, y Kami sería acreditado como el "familiar eterno" o el "eternal blood relative" en todos sus futuros lanzamientos.
A mediados de 1999 y a inicios de 2000, Malice Mizer –aún sin vocalista oficial– publicó varios sencillos y empezó a trabajar en un nuevo álbum. Eventualmente, encontraron a "Masaki Haruna", amigo de Yu~ki, a quien más tarde conocerían como Klaha (exvocalista de Pride Of Mind). La música de la banda empezó a tener tintes más oscuros y serios, y optaron por una dramática mezcla de música clásica, Rock gótico y en algunas canciones se puede apreciar la influencia del Metal, y readoptaron el estilo gótico en su vestuario. En verano de 2000, publicaron su último álbum, Bara no Seidou, seguido de un espectáculo teatral en vivo, con pirotecnia, un coro conformado por "monjas" y como utilería una catedral a escala inspirada en la Catedral de San Vito de Praga. En 2001, Malice Mizer protagonizó una película que fue una adaptación de Drácula, de Bram Stoker, Bara no Konrei ~Mayonaka ni Kawashita Yakusoku~, y lanzaron cuatro sencillos más, «Gardenia», «Beast of Blood», «Mayonaka ni Kawashita Yakusoku» y «Garnet ~Kindan no Sono e~». En estos trabajos, Shue participa como miembro de soporte en la batería.
A finales de 2001, Malice Mizer anuncia un periodo de inactividad indefinido dejando un mensaje en su página oficial, que aún se puede ver.